Датой образования МБОУ «СОШ №16» считаем 1917 год. Такой вывод нами сделан на основании исторических документов, хранящихся в архивах г. Кемерово и г. Томск.
Предложением дирекции народных училищ Министерства Народного Просвещения от 15 октября 1916 года № 3266 с 1 января 1917 года на территории Кемеровского рудника открыто одноклассное училище.
В марте 1917 года состоялось общее собрание представителей от шахты «Центральная» и жителей Кемрудника с обращением к руководству Кемрудника об объединении этого одноклассного училища и ремесленной школы и открытия семилетней школы на руднике, которая и была открыта 1 сентября 1917 года. Школа-семилетка размещалась в 2-х бараках на Красной горке.
В 1926 году школа переименована в фабрично-заводскую семилетку №16 (нумерация школ появилась с 1924 года).
В 1927 году школа перешла в новое здание, построенное по проекту голландского архитектора ван Лохема. Сейчас это здание находится по адресу: ул. Абызова, 12.
В 1930 году фабрично-заводская семилетка переименована в неполную среднюю школу № 16.
В 1935 году становится школой-десятилеткой (средней школой).
С 1944 по 1953 год - средняя школа №16 является женской школой.
В 1965 году средняя школа №16 переходит в здание по адресу: ул. Рутгерса, 36, где и располагается по настоящее время.